بناي اين مدرسه در كوي شرقي شهر گناباد در مجاورت يكي از سردرهاي ورودي مسجد جامع اين شهر واقع است. اين مدرسه از يادگاري‌هاي معماري اسلامي در دوره صفويه است، كه نشان‌دهنده ارج و مقام علم و دانش در اين شهر در زمان خود است كه به دليل تدريس علم نجوم و افلاك در اين مكان به مدرسه نجوميه نيز مشهور است. معماري مدرسه شامل هشتي ورودي، دالان، صحن و حجره‌هاي پيرامون آن است. اين بنا در دوران قاجار تغيير يافته و مرمت شده است.